Las cianobacterias son un fenómeno normal en aguas tibias y tranquilas. 

La presencia de nutrientes en el agua promueve su expansión pero no siempre son el resultado de la contaminación. En los hechos, en las aguas fluviales y lacunares la presencia de efluentes urbanos o explotaciones agrícolas industriales ayuda su desarrollo. Pero aunque no los hubiera las cianobacterias igual se desarrollarían si las condiciones de temperatura y tranquilidad del agua son las apropiadas. Hay numerosos ejemplos geològicos de cianobacterias fósiles, los llamados "estromatolitos".
Los estromatolitos, formados por las floraciones "algales" de cianobacterias, son una de las expresiones biológicas más antiguas de la evolución planetaria.

Los estromatolitos son rocas que se originan por la actividad de microorganismos, generalmente cianobacterias (también conocidas como algas cianofíceas o verdiazules).

En la actualidad son las principales responsables de las llamadas “floraciones algales” en lagunas y cursos de agua durante los días de calor. Su crecimiento es mayor cuando las aguas contienen nutrientes abundantes (fósforo, nitrógeno, etc). De todos modos, su ubicuidad hace que puedan prosperar en casi todos los ambientes acuáticos cuando se dan ciertas condiciones de temperatura y aguas tranquilas.

Estos microorganismos inducen la cristalización de carbonato cálcico al realizar la fotosíntesis y al mismo tiempo atrapan partículas transportadas por el agua, produciendo la formación de finas capas de carbonato que hace las veces de cemento. Actualmente, la mayoría de los estromatolitos se forman en lagos y fondos marinos. Los estromatolitos fósiles más antiguos que se conocen tienen cerca de 3500 millones de años, y representan la primera evidencia de vida en la Tierra.

Algunos estromatolitos pueden formarse por otros procesos bioquímicos.  las floraciones "algales" de cianobacterias,  

Hay estromatolitos formados por óxidos de manganeso (negros), y no por carbonato de calcio como es habitual. Estos estromatolitos pueden formarse en ambientes sin luz, pero no es lo más común.el momento.

En esos casos el manganeso disuelto en el agua de ríos subterráneos es aprovechado por microorganismos especializados en oxidar manganeso. Estas bacterias, del grupo de los "extremófilos",  están adaptadas a vivir en medios extremadamente hostiles, en este caso por la ausencia total de luz y la escasez de nutrientes. Son organismos "quimiosintéticos" ya que para sintetizar su materia orgánica utilizan una reacción química (la oxidación del manganeso), en lugar de usar la luz como hacen los organismos fotosintéticos.  Es probable que en algunos planetas del Sistema Solar también haya microorganismos adaptados a este tipo de ambiente subterráneos.

Basado en un artículo de El Soplao adaptado por D.A.

http://www.elsoplao.es/estromatolitos.php